Parafia św. Jana Chrzciciela w Lgocie Mokrzesz została wydzielona z terenu Parafii w Koziegłówkach w 1988r.. Od 1993 r. Liturgia była sprawowana w nowo wybudowanym kościele. Poświęcenia świątyni dokonał arcybiskup Stanisław Nowak 31.10.1993 r. Parafię erygował biskup Stanisław Nowak 15.05.1988 r. wydzielając jej teren z parafii w Koziegłówkach.
Już w okresie międzywojennym została wybudowana w Lgocie niewielka kapliczka, którą poświęcono 3.10.1937 r. Przy niej po 1945 r. odprawiana była w okresie letnim w niedziele Msza św. W 1983 r. biskup Stefan Bareła zlecił ks. Janowi Berdysowi tworzenie tu przygotowań do powołania samodzielnej parafii i podjęcie starań o wybudowanie obiektu sakralno-duszpastersko-mieszkalnego. 11.06.1985 r. biskup Stanisław Nowak ustanowił w Lgocie wikariat terenowy. Liturgię sprawowano odtąd w wystawionej tymczasowej kaplicy.
Kompleks ten według projektu arch. Zygmunta Fagasa i konstruktora Krystiana Błaszczaka budowano w latach 1985-1993. Już 18.10.1987 r. biskup Franciszek Musiel wmurował kamień węgielny w ściany powstającej świątyni. Od 1986 r. przeniesiono się ze sprawowaniem Liturgii do części katechetycznej wznoszonego obiektu, a od 14.02.1993 r. do właściwego kościoła. Poświęcenia świątyni dokonał arcybiskup Stanisław Nowak 31.10.1993 r. rytem zwykłym, a uroczystym (konsekrował) 30.06.1996 r. Odtąd prowadzone są bieżące prace konserwacyjne świątyni.