Kościół św. Franciszka w Niegowonicach wzniesiony został w 1802 r. Fundatorem budowli był Franciszek Grabiański. Świątynia, posiadająca cechy barokowo-klasycystyczne, powstała przy stojącej tutaj pierwotnie drewnianej kaplicy dworskiej. Wraz z budową kościoła erygowana została tutejsza parafia św. Franciszka z Asyżu, ustanowiona przez biskupa wrocławskiego Josepha Christiana Hohenlohe-Bartensteina. Pierwszym jej proboszczem został ks. Jan Zaremba. Kościół św. Franciszka odnawiany był w końcu XIX w. Później gruntowna odnowa miała miejsce po pożarze w 1909 r.
Murowana, otynkowana budowla posiada jedną nawę z dobudowaną kruchtą, transept oraz trójbocznie zamknięte prezbiterium z dwiema zakrystiami i składzikiem. Nad zachodnią częścią nawy wznosi się wieża na planie kwadratu. Dwuspadowe dachy świątyni kryte są blachą miedzianą. Sklepienie kościoła nad nawą, transeptem i prezbiterium jest kolebkowe, w kruchcie zaś krzyżowe. Okna w prezbiterium i nawie zakończone są łukami półkolistymi. Transept ma okna okrągłe. Trójosiowa fasada świątyni posiada wydatną, dwukondygnacyjną attykę. Wewnątrz kościoła znajduje się m.in. łaskami słynący krucyfiks Pana Jezusa Miłosiernego (pochodzący z XVI w.), późnobarokowa chrzcielnica, a także cenne sprzęty liturgiczne: barokowe kielichy oraz monstrancja o cechach rokokowych i klasycystycznych, z początku w. XIX. Polichromia kościoła jest dziełem Antoniego Dawmonta i została wykonana w 1932 r. Drewniany ołtarz główny pochodzi z czasów współczesnych.