Idea Sanktuarium Polskiej Golgoty Wschodu, które utworzone zostało w latach 90-tych, wiąże się z upamiętnieniem przedstawicieli wielu generacji Polaków, którzy oddali życie na „nieludzkiej ziemi”, a więc zarówno zesłańców z czasów caratu jak i ofiar ludobójstwa sowieckiego.
W latach 70-tych, po wybudowaniu bloków na będzińskim osiedlu Syberka, ich mieszkańcy oraz księża pobliskiej parafii św. Jana Chrzciciela rozpoczęli starania o pozwolenie na budowę kościoła. Pomimo wielu tysięcy podpisów, kilkuset podań i próśb, władze PRL starały się uniemożliwić wzniesienie tu świątyni. W przełomowym roku 1980 miała miejsce peregrynacja obrazu Matki Bożej Częstochowskiej po Zagłębiu. Msza przez obrazem, która odprawiona została wówczas pod gołym niebem, stała się impulsem do jeszcze większej determinacji mieszkańców. Jesienią roku 1980, na fali „karnawału Solidarności”, starania ich zakończyły się sukcesem. Władze zgodziły się wreszcie na budowę kościoła.
Pracami kierował od początku ks. Stefan Gibała, były proboszcz parafii Jana Chrzciciela w Będzinie, a od jesieni 1981 r. proboszcz nowopowstałej parafii Nawiedzenia NMP, w Będzinie na osiedlu Syberka. W ściany górnej części kościoła wmurowano i poświęcono kamień węgielny z grobu świętego Piotra, ofiarowany przez Jana Pawła II. Budowa ciągnęła się przez trudne lata 80-te, naznaczone stanem wojennym, kryzysem i walką opozycji. W 1989 roku ksiądz bp Mirosław Kołodziejczyk poświęcił dolną kaplicę kościoła.
Kościół został ustanowiony Sanktuarium Polskiej Golgoty Wschodu w 1997 roku przez ks. biskupa Adama Śmigielskiego, pierwszego ordynariusza diecezji sosnowieckiej. W mającej wówczas miejsce uroczystości poświęcenia Krzyża Katyńskiego wziął udział m.in. ówczesny wieloletni kapelan rodzin katyńskich, ksiądz Zdzisław Peszkowski. Przy wejściu do dolnej kaplicy kościoła, obok krzyża, wypisano miejsca kaźni Polaków na Wschodzie. Wewnątrz tej kondygnacji świątyni znajduje się Izba Pamięci. Zgromadzono tu pamiątki po tragicznie poległych, pochodzących głównie ze Śląska oraz Zagłębia. Obok ofiar komunizmu, zamordowanych w sowieckich obozach czy będących ofiarami ludobójstwa katyńskiego, sanktuarium upamiętnia także przedstawicieli wcześniejszych generacji Polaków. W prezbiterium górnej części kościoła zobaczymy płaskorzeźby przedstawiające m.in. świętego Rafała Kalinowskiego, powstańca styczniowego i syberyjskiego zesłańca oraz „Widzenie na katordze” według Artura Grottgera. Umieszczona w tylnej części kościoła Droga Krzyżowa symbolizuje męczeńską drogę Polski do wolności.