W nieczynnym już wyrobisku odsłonięte zostały skały wapienne powstałe w najstarszym piętrze stratygraficznym jury górnej (oksford) – ok. 163-157 mln lat temu. Najbardziej rozpowszechnione są tu wapienie ławicowe, składające się z naprzemianległych ławic wapieni rozdzielanych warstewkami margli.
W południowej części kamieniołomu, obejmującej szczytowe partie rozciętego wzgórza, odsłonięto natomiast wapienie skaliste (miejscami margliste) w formie bioherm - soczew powstałych przy udziale kolonii sinic, a także gąbek o szkielecie krzemionkowym. Zespoły bioherm gąbkowych zbudowały strukturę o charakterze podmorskiej, stosunkowo głęboko położonej rafy, którą dopiero po ewentualnym wzroście do strefy lepiej naświetlonej zasiedlić mogłyby koralowce, przejmując rolę budowniczych rafy. W obrębie samych bioherm oraz w ich sąsiedztwie wapienie zawierają konkrecje krzemionkowe (buły krzemienne), powstałe z rozpuszczonych elementów obumarłych organizmów o szkielecie krzemionkowym.
Przeważające w kamieniołomie wapienie ławicowe zawierają niewiele skamieniałości, ale w obrębie wapieni skalistych i w ich sąsiedztwie występują one całkiem licznie. Obok skamieniałości głównych organizmów skałotwórczych w kamieniołomie zaobserwować można szczątki fauny kopalnej zamieszkującej rafę i jej okolice: ramienionogów, liliowców, jeżowców, małży, ślimaków, krabów, a także amonitów bytujących w otwartych morzach. Liczne bloki skalne z dobrze zachowanymi skamieniałościami górnojurajskiej fauny morskiej można znaleźć w południowo zachodniej części kamieniołomu.
Kamieniołom Lipówka, fot. Agnieszka Wrońska, CDPGŚ
Ciekawym obiektem w kamieniołomie Lipówka jest położona w jego południowo zachodniej części Jaskinia Szeptunów (Szmaragdowa). Ma ona całkowitą długość 218 m oraz 23 m deniwelacji. W jaskini występują liczne i różnorodne formy erozji krasowej dokumentające stadia rozwoju, natomiast niewiele jest namulisk, a słabo rozwinięta szata naciekowa występuje tylko w jednym miejscu. Ponadprzeciętne, na tle innych jaskiń Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej, nagromadzenie form erozyjnych spowodowane jest stosunkowo większą podatnością na erozję wapieni marglistych, w których jaskinia powstała. Obecnie woda wypełnia tylko dno jaskini, a wyższe partie praktycznie nie są poddane erozji wodnej. Jaskinia Szeptunów nie jest przez zarządcę terenu udostępniona do zwiedzania – część korytarzy zostało u wylotu zasypanych dla ochrony przed dewastacją, a samo wejście wymurowano by zapobiec zasypaniu zwietrzeliną.
Dzięki zróżnicowanym warunkom siedliskowym kamieniołom jest także miejscem występowania interesujących gatunków roślin. Spotkać tu można podlegające ochronie gatunki storczyków – kruszczyka błotnego Epipactis palustris oraz kruszczyka rdzawoczerwonego Epipactis atrorubens, a także kocanki piaskowe Helichrysum arenarium i dziewięćsiła bezłodygowego Carlina acaulis. Ciekawostką florystyczną jest pływacz zwyczajny Utricularia vulgaris, zasiedlający małe jeziorka powstałe na dnie kamieniołomu. Pływacz jest rośliną mięsożerną, odżywiająca się zooplanktonem, który chwyta za pomocą pęcherzyków, umieszczonych na pędach zanurzonych w wodzie.