Wieś Jeleń powstała nad rzeką Przemszą na mocy lokacji biskupa Jana Muskaty w 1303 r. Obecnie jest częścią Jaworzna. Krańce Jelenia graniczą z Libiążem, Chełmkiem i Chrzanowem. Tutejszy kościół Podwyższenia Krzyża Świętego powstał w wyniku współczesnej rozbudowy pierwotnej kaplicy z XVII w.
Miejscowość Jeleń utworzona była na mocy przywileju lokacyjnego z 1303 roku. W XV wieku miejscowość posiadała komorę celną oraz miała prawo urządzania dwunastu jarmarków rocznie. W roku 1973 Jeleń otrzymał prawa miejskie, zaś w 1977 został włączony w obręb Jaworzna. Początki tutejszego kościoła sięgają połowy XVII wieku, kiedy to hrabia Ludwik Mikołaj Grabiański, który wydzierżawił miejscowość od biskupów krakowskich, wzniósł tu kaplicę pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego. Obiekt ten konsekrowany został 5 listopada 1691 roku przez biskupa krakowskiego, Jana Małachowskiego.
Ta murowana kaplica z półkolistą apsydą posiadała zakrystię i wyposażona była m.in. w ołtarz główny oraz dwa boczne. Należała wówczas do parafii Jaworzno. Odrębną parafię w Jeleniu erygował w 1914 roku biskup krakowski, książę Adam Stefan Sapieha. Kaplica z biegiem czasu okazała się zbyt mała na potrzeby parafian. Projekt rozbudowy wykonał Stanisław Filipkiewicz.
Stary kościół stał się integralną częścią nowej świątyni, której kształt nawiązuje do stylistyki neobarokowej. Prace budowlane rozpoczęto w 1934 roku. Trójnawowy korpus, przykryty dwuspadowym dachem z sygnaturką, zamyka półkolista absyda. W latach siedemdziesiątych XX wieku otynkowano i wyposażono kościół. Kościół Podwyższenia Krzyża Świętego położony jest na wysokiej skarpie, łagodnie opadającej w kierunku Przemszy. Do dziś zachował się ołtarz główny pochodzący z czasów fundacji Mikołaja Grabiańskiego. Ponowna konsekracja kościoła miała miejsce 5 października 1975 roku. Dokonał jej kardynał Karol Wojtyła. W roku 1995 do gmachu świątyni dobudowano wieżę.